巴吉尔
米茹菲
宁宁
爱儿
主要人物
超世代
主词条：宝可梦：超世代
城都联盟篇结束后，小霞为了接替出门旅行的三位姐姐而不得不返回华蓝市担任道馆训练家，小刚也因为因家里有事和小智分开了。小智重新出发，因为想要以一个新人的心态继续学习的心态，所以只带着皮卡丘只身前往丰缘地区，在那里认识了新人训练家小遥和她弟弟小胜，后来小刚又重新加入，于是四人并展开全新的冒险。超世代共分为丰缘联盟及对战开拓区两篇，和第一部的不同的是，故事变成了两条主线：一方面小智为了参加丰缘联盟，努力挑战道馆而收集徽章。联盟大会结束后，改挑战故乡关都地区的对战开拓区；另一方面小遥以成为顶级协调训练家为目标，挑战各地的华丽大赛取得缎带，参加华丽大型庆典。两人都为了达成各自的目标，与宝可梦一起奋斗。[]
火焰鸡（小遥）
皮卡丘（小智）
蜥蜴王（小智）
爱哭树（小刚）
佛烈托斯（小刚）
顿甲（小智）
伊布（小遥）
沼跃鱼（小刚）
冰鬼护（小智）
小卡比兽（小遥）
乐天河童（小刚）
大王燕（小智）
妙蛙种子（小遥）
杰尼龟（小遥）
煤炭鬼（小智）
向尾喵（小遥）
狩猎凤蝶（小遥）
龙虾小兵（小智）
小遥（超世代）
小胜（超世代）
超世代中主人公宝可梦最终阵容
钻石与珍珠
主词条：宝可梦：钻石与珍珠
对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆。小智受到了小茂的鼓励，独自带着皮卡丘和偷跟去的的长尾怪手前往神奥地区开始新的挑战。
小智、小光和小刚人的旅程并非一帆风顺，他们在路途上遇上很多人和事，小智曾惨败给真司，小光也曾在次华丽大赛的第一次审查惨遭淘汰出局。几经辛苦，小光终于集齐枚缎带徽章，她在神奥华丽大型庆典表示出色，第一次参加便晋级决赛，但在决赛以稍微差距输给好友小望；小智也集齐枚徽章，他在神奥联盟有好得开始，在第回战打败尚志，第回战打败某女路人，第回战(强)打败考平，强更打败真司，可是他无法势如破竹而在准决赛惨败给达克多，在4强出局。
神奥旅程随着神奥联盟结束而来到尾声，小智及小刚曾邀请小光一起前往关都地区，但小光因卷卷耳被邀请而不能前来，当天的日落，小智在码头上和小光以最后一次击掌道别，与皮卡丘及小刚乘船返回关都地区。第二天日出后，小智和小刚回到关都地区，在往真新镇及深灰市的分叉路口，小智和小刚握手及互相祝福对方后正式告别。小智和皮卡丘终于看见真新镇，他们跑进返回真新镇前的最后一段路，神奥之旅程正式划上句号。[]
波加曼（小光）
卷卷耳（小光）
帕奇利兹（小光）
双尾怪手（小光）
烈焰猴（小智）
原子弹
圆陆鲨（小智）
波克基斯（小光）
火岩鼠（小光）
从左至右：小刚、小智、小光
亚克诺姆、艾姆利多、由克希
小光（钻石珍珠）
小光——华丽大赛（钻石珍珠）
钻石与珍珠
超级愿望
主词条：宝可梦：超级愿望
讲述小智和皮卡丘踏入新的冒险舞台——合众地区，这里居住着许多他们所不知道的宝可梦。当小智知道合众地区的宝可梦后，便马上报名和踏上新的旅程，途中更遇上艾莉丝、牙牙与天桐，新的冒险就这样开始了。而跟着冒险而来的是脱胎换骨的火箭队，另外在寻找新的宝可梦以及新的邂逅的道路上，有更多的考验在等着他们。
随着小智取得个徽章,日本在年月日开始播放第二季，讲述小智一行人在合众联盟开始前，前往东合众地区参加宝可梦世界锦标赛青少年杯为开端的故事。后来小智在合众联盟强出局，随后在年月日开始播出第季的新章节“Epio”，重新诠释因·日本地震而未能如期播出有关的等离子队剧情。
“Epio”结束后，在年4月日播出第季的另一新章节“杰可罗拉冒险”，故事中小智一行人离开合众地区，返回关都地区，期间经过杰可罗拉群岛，并在群岛展开冒险旅程。[]
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