千年前，少女穿越到了这个世界。
虽然这个世界还处在一片荒芜的状态，但少女意外发现自己获得了永生的能力。
无论受到怎样的致命伤，都会自动恢复。
她来自另一个时空的某个东方国度。
就在她降临到了这个世界之后。
有一天她遇到了一个自称大筒木的人，他们一个叫一式，一个叫辉夜。
少女和他们成为了好友，并且在这时一式告诉了他们的使命。
他们在地球种下了神树，一起培育着神树。
眼见着神树一天天的成长起来，他们的心情也变得愉悦无比。
但力量最终使两个人反目为仇。
即使少女想要阻止，一式和辉夜为了神树的支配权大打出手。
最终一式重伤逃走，辉夜留在了地球。
少女认为是自己没有阻止两人，才让结局变成这样。
此后她封闭了自己的内心。
忽然她发现了神树的秘密，它似乎会侵蚀人的心灵。
而辉夜犯下了过错，她吃下了神树的果实，变得暴虐起来。
无限月读的世界展开。
辉夜和她的两个儿子，以及少女生活在这个星球上。
为了终结这个虚假的世界，少女找到了当初她所教导过的三只宠物。
为世界的复苏种下了种子。
少女在辉夜的两个儿子的帮助下，以自身灵力为代价封印了辉夜。
她也因为灵力耗尽，陷入了沉睡当中……
此后便是忍者的时代。