关东地区，时代研究所。
此刻电视之上，正在播报着一些新闻。
#今日，发生有人遗弃了一头小火龙，幸亏有热心的小智收留，但是大佑始终不肯认错，
#大佑的父亲，母亲坚决觉得儿子没有丝毫错误，倒是那头小火龙，背叛了大佑，错的是那头小火龙，
#大佑一家，雇佣了宝可梦猎人，准备抓捕厉害的鬼斯，据说，如果有人可以送上厉害的鬼斯，将得到大额的金钱……
#又有人被鲤鱼王大叔给欺骗了，这一位鲤鱼王大叔，辗转多地贩卖宝可梦，欺骗训练家，若有热心群众发现，请拨打热线，联系君莎小姐。
此刻，时宇刚看完新闻，突然感到一阵剧烈的头痛，不由得捂住了自己的脑袋。
这位眉清目秀的少年身穿一件博士级的白色大褂，他的装扮无论置身何地，都足以吸引众多目光。
然而，此时的他正经历着难以忍受的痛苦。
这并非普通的生病带来的痛苦，而是由于大量前世的记忆突然涌入他的脑海中，让他感觉自己的头脑几乎要被撑爆了。
这种剧痛持续了几分钟，随后才逐渐开始平息。
当痛苦消退后，时宇终于回想起了自己的真正身份。前世的他也叫时宇，是一个热爱御兽文学、《宝可梦》和《数码宝贝》动画的青少年。
他记得看完小智夺冠的比赛，以及《数码宝贝》中太一和亚古兽的最后告别场景之后，突然眼前一黑。
当他再次睁开眼时，他已经变成了一个婴儿，出现在关东地区一个名不见经传的时代研究所门口。
时代研究所的负责人是一位没有家人的老婆婆。
她收养了时宇，并巧合地给他取了一个名字：时宇。
一年前，负责养育时宇的老婆婆去世了。
她在生命的最后时刻，将时代研究所的所有责任和管理权交给了时宇。
她的临终愿望是希望时代研究所能够成为全世界最著名、最热门的研究机构。
然而，已经觉醒前世记忆的时宇深知实现这个愿望的难度。
在宝可梦的世界中，虽然宝可梦博士众多，但真正名声显赫的也不过三十几位。
在关东地区，提到博士，人们首先想到的往往是大木博士，他的名望几乎是其他博士无法比拟的。
时宇虽然已经获得了宝可梦博士的资格，地位与能力也许与正辉博士相仿，
但他们都还不是知名博士，
要想让时代研究所在这个由名家辈出的宝可梦世界中脱颖而出，成为最热门的研究所，
实在是太难了，
就在时宇陷入沉思的同时，
突然，一阵机械化的声音在他的耳边响起：【叮，恭喜你绑定数码世界，幕后黑手系统。】
这突如其来的声音让时宇的目光一亮。
在前世阅读小说时，他了解到几乎每一个穿越者都会拥有“金手指”，
而现在，他自己的金手指终于到来，这让他不由自主地感到兴奋。
然而，“数码世界”这几个字他能够理解，但是“幕后黑手”这四个字却让他有些困惑。
不过很快，一连串的信息流入他的脑海，让他迅速明白了这一系统的工作原理和目的。
系统说明指出，只要与数码兽或数码世界相关的任何事件引起了广泛的轰动——无论是情感上的还是其他形式的——
这些都会触发时宇的兑换列表更新，从而让他获得更多的数码兽、数码建筑等资源。
“让我在宝可梦世界中开创一个数码时代？”
时宇突然被这个想法点燃了思维的火花，感觉这是一个振奋人心的好主意。
通过这种方式，他不仅能够尝试新的事物，而且还有机会实现老婆婆的梦想。
老婆婆曾经抚养他长大，对他的期望并不多，除了一个唯一的临终愿望。
时宇觉得自己有责任，也有必要去实现她的这个愿望。
他想到了摩恩博士，这位一度默默无闻的科学家，正是通过专注研究究极空间和究极异兽，最终成为了一个世界知名的博士。
那么他，时宇，为什么不借助这个契机，将自己打造成为一个专注研究数码世界和数码兽的博士呢？