CE71年9月27日，地球联合军与PLANT之间的战争在第二次雅金杜维攻防战后落下帷幕，双方开始进行停战谈判，并最终在曾经的悲剧之地尤尼乌斯七号卫星上签订和平条约。
然而，明面上大规模的交锋虽然结束，但暗地里的袭击以及局部战争不时的发生，加上地球联合军主体大西洋联邦势力的缩水，南美合众国以及奥布联合酋长国包括地球联合军成员国之一的东亚共和国宣布独立，但，大西洋联邦仍然是地球上最强大的势力。
不过，由于尤尼乌斯七号条约的签订，大西洋联邦以及PLANT高层势力全部洗牌，大西洋联邦总统由蓝波斯菊扶持的科普兰约瑟夫担任，PLANT方面以吉尔伯特迪兰达尔为首的领办班子形成。
光阴似箭，岁月如梭，转眼间两年的时间过去了，此时的各国国力基本上已经恢复到CE71年时期的水准，世界的局势再次变的扑朔迷离起来……
地球，奥布联合酋长国新任首相卡嘉莉尤拉阿斯哈在一众人员的簇拥下来到PLANT所属的卡奔塔利亚基地，她要从这里出发前往PLANT参加PLANT举办的阅兵典礼。
在另外一边的站台上，隐姓埋名的阿斯兰萨拉正盯着最新的新闻资讯：
【昨日发生在大西洋联邦圣地亚哥市扎夫特军事设施的恐怖爆炸袭击事件，在后来的调查中认为极有可能是蓝波斯菊关联组织神圣大地所为，PLANT政府已经向大西洋联邦政府提出强烈抗议，同时要求对整个事件做出解释。】
看完这则新闻的阿斯兰萨拉走进了与卡嘉莉一道的穿梭机，因为他这次的任务是陪同卡嘉莉尤拉阿斯哈去往PLANT。
同日，宇宙，大西洋联邦代达罗斯基地，一位戴着面具的紫发少年看着地球上情报人员传来的消息沉默不语。
这位紫发少年便是我们的主角基拉大和，只不过，他如今的名字叫尼奥罗阿诺克，按照记忆，他在雅金杜维攻防战驾驶自由高达中与劳鲁克鲁泽的神意高达决斗，最终神意高达被创世纪摧毁，自由高达重创，他漂流到了月球附近，被地球联合军救回，然后被蓝波斯菊改写记忆成为了如今幻痛部队的上校，然而，原本这个人应该是穆拉佛拉达。如果不是CE72年，一个异世界的来客，他也不会恢复记忆，只不过，恢复记忆的同时他知道了一切，知道了PLANT现任议长吉尔伯特迪兰达尔的宏伟计划以及后续的事情，所以他改变了，并没有返回奥布和拉克丝克莱因相认，而是选择继续成为蓝波斯菊的打手，进而吞并军事组织LOGOS的势力，为了更好的施展报复，他将记忆中一部分的新型科技交给了蓝波斯菊，这也是他的筹码。
“滴滴滴……”
突然，电脑收到来自地球方面的通讯，不用看就知道是蓝波斯菊如今的盟主罗德吉布利尔的。
“盟主，这么晚打扰，有什么事情，请吩咐。”基拉大和恭敬的说道。
“尼奥，根据我们在PLANT情报人员的消息，PLANT那位议长即将于明日为扎夫特军新型战舰举行下水仪式。”罗德吉布利尔说道。
“盟主，PLANT那么大的动静，这不是人尽皆知的吗？”基拉大和问道。
“正因为如此，我们才要送给他们一个大大的礼物。”罗德吉布利尔说道。
“盟主放心，我已经安排好了，我的这位礼物足以震撼这个沉闷的世界。”基拉大和说道。
是的，他确实已经派出了人员，以史汀克，奥尔和史黛拉三个人组成的先遣队已经秘密出发了，这三个人与CE71年的三个人一样都是强化人，不同的是这三个人是拓展人，心态更加的稳定，适合执行秘密任务，不会向那三个人那样动不动就炸毛。
“看来我们想到一起去了。”罗德吉布利尔说道。
“对了，盟主，我提供你的那些新型机制造的怎么样了？”基拉大和问道。
“尼奥，虽然我不知道这些优秀的机体你是从哪里弄的，但不得不说这真的不是一朝一夕可以完成的。”罗德吉布利尔一脸苦闷的说道，“目前主体部分已经全部完成了，但动力源还需要一段时间。”
尼奥罗阿诺克提供的新型机虽然不是什么特别难制造的机体，但动力源方面却要消耗大量的资源，而且还是二十个动力源，要不是有军事组织LOGOS的存在，还真不好说。
其实基拉大和提供的正是高达00第一季中科纳家族提供给三大国的那三十台机体，这些机体与天人组织的不同，因为这些机体的动力源不需要去到遥远的木星制造，只需要在地球上制造并且组装即可。
只不过，相比于高达00中的厄运式，基拉提供的机体更偏向于地球联合军目前配备的机体，由于是幻痛部队使用，所以通体改为黑色，搭载TP装甲，武装方面就是目前地球联合军的装备。
“盟主，不急，游戏才刚刚开始，那是最终决战用的，能不能压制扎夫特军并且维持我们的霸主地位，就看这些机体了。”基拉大和说道。
“不用你说，我明白。”罗德吉布利尔说道，“这个我来负责，其他事情交给你了，不要让我失望。”
“您放心。”基拉大和说道。
挂断与罗德吉布利尔的通讯，基拉大和打开了电脑中的另一份绝密文档，那是一台独属于基拉大和的新型机，一台可以终结战争的机体——再生高达，而来源正是穿越者的记忆，并且打开了与大西洋联邦总统约瑟夫科普兰的通讯。
“哦，尼奥，你找我有什么事情吗？”约瑟夫科普兰问道。
“我交给你的东西，什么时候可以完成。”基拉大和问道。
“至少要到CE74年才可以完成，你给的机体太复杂了，宇宙的能力有限。”约瑟夫科普兰苦笑道。
“到时候你完成我的要求，我保证让你脱离蓝波斯菊成为真正意义上的大西洋联邦总统。”基拉大和说道。
“一定一定。”约瑟夫科普兰说道。
在基拉大和刚结束与约瑟夫科普兰的通讯之际，一道敲门声响起，是蓝波斯菊安排给他的副官伊安李。
“李，我说过进我的办公室不需要敲门的。”基拉大和说道。
“抱歉，上校，时间到了，我们该出发了。”伊安李说道。
“是啊，我们走吧，去PLANT迎接我们的孩子们回家。”基拉大和说道。
听到基拉大和的话，伊安李内心撇撇嘴：您自己不也是一个大孩子。
不一会儿，一艘嘉帝露级战舰在幻象化粒子的保护下朝着PLANT军械库市一号卫星的方向而去。
一场新的风暴已经在酝酿，其实无论是大西洋联邦还是PLANT亦或者是躲在暗中的老鼠们都在等待着一个导火索的到来。