朱厚照即位之初，表现出勤政的姿态，往往昧爽时分就上朝听政，同时继续进行日讲和经筵，但不久就有所懈怠 ，这被认为是其身边以刘瑾为首的八名宦官引导的结果。
他登基时灾害丛生，弘治十八年（1505年）六月至八月，京畿地区乌云密布，阴雨连绵，大水淹没庄稼，冲塌房屋。
正德元年（1506年），彗星扫过内阶和太微垣，大雨淹没了中都凤阳的民居；南京暴风劲吹，雨水如注，迅雷不但击毁南京皇城的城墙，还击中孝陵白土岗上的一棵大树，树干起火，内焚中空；京师流星陨落，天鼓自鸣，震雷还击中了郊坛、太庙、奉天殿等处的鸱吻、脊兽。
群臣认为这些灾异是上天谴告，纷纷上疏劝谏新君，指出朱厚照沉湎骑射、宫中练兵、游玩无度、微服出行、滥赏妄费、不听直言、视朝渐晚、亲王代行祭祀、久旷圣学、居丧不哀等过失。
面对这些劝谏，朱厚照表示反省，并一度“屏去鹰犬，停止骑射” ，但其内心对朝臣约束他的不满与抵触也与日俱增，相应地则是更加倚重刘瑾为首的宦官。
刘瑾还给朱厚照编排了弘治年间阁臣操纵朝权的戏剧，让朱厚照对阁臣留下了恶劣的印象。
除了朱厚照对朝臣约束他的不满外，他在具体问题上也同朝臣发生冲突，在皇庄问题、军人占役问题，裁革冗官问题、添设宦官、整顿盐法等。
这些本来是刘健等为他起草的登极诏中承诺改革的事项，但朱厚照维护既得利益群体，不愿改变这些弊端，引发了与朝臣的冲突。
正德元年初，国舅张鹤龄、张延龄的家人控告有百姓侵占皇庄，朱厚照站在他们一方，令锦衣卫抓捕百姓二百余人，而朝臣则集体反对，甚至要求撤销皇庄，朱厚照虽拒绝撤销皇庄，但规定每个皇庄只留太监一人，校尉十余人，不得扰民。
九月十五日，他又针对户部尚书韩文折半批给自己所派太监崔杲所奏讨的引长芦盐引一事反复对刘健等阁臣说：“天下事岂专是内官坏了？譬如十个人中也仅有三四个好人，坏事者十常六七，先生辈亦自知之！”
不满之情溢于言表，不过朱厚照最后还是做出妥协，不再要求批给崔杲剩下一半盐引。
刘健等乘胜追击，力图除掉朱厚照身边的“八虎”。
于是在正德元年（1506年）十月，由户部尚书韩文出面，李梦阳代他写了请斩“八虎”的奏章。
朱厚照览奏后惊恐不安，为之流泪，茶饭不思，不得不派陈宽、李荣、王岳等八名司礼监太监赴内阁告知刘健等说自己已经悔悟，请求饶了“八虎”的性命，但刘健等予以拒绝。
接着，他又派陈宽等到内阁传话，说自己有意革刘瑾等人之职，发配南京，刘健还是不肯让步，甚至放声大哭，高呼先帝。
于是朱厚照又传召韩文等弹劾“八虎”的大臣，让司礼监太监李荣对他们说放过“八虎”，自己一定改邪归正，但韩文登依然不屈不挠，要求处死“八虎”。
这时，吏部尚书焦芳将群臣准备请杀“八虎”的情况泄露给“八虎”，“八虎”便向朱厚照哭诉，怂恿他与群臣对抗。
第二天一早，刘健、李东阳、谢迁等阁臣率九卿、言官聚集在左顺门前，准备伏阙奏请诛杀“八虎”。
随后一名太监走出，宣布了宽恕刘瑾等人的圣旨。
刘健、李东阳、谢迁大失所望，上疏辞职，朱厚照批准了刘健、谢迁的辞职，留下了对“八虎”态度相对温和的李东阳。
另一方面，之前站在朝臣一方的司礼监太监王岳、范亨也被发配南京（途中被刘瑾派人逼迫自缢），“八虎”之首刘瑾取而代之，成为司礼监秉笔太监，开始弄权。
正德二年（1507年）八月，朱厚照在紫禁城西面的太液池西南岸兴建豹房公廨，搬入其中，称之为“新宅”，此后再未住过紫禁城。
朱厚照在豹房纵情声色，但并无迹象显示他放弃对朝政的控制，只不过他用宦官刘瑾及依附他的焦芳等人来牵制其他朝臣，改变弘治年间权在阁臣的局面。
除了焦芳以外，朱厚照还提拔不依附的杨廷和入阁，以相互平衡。
但当时“宦官所言，朝臣莫不顺从，请托公行” ，刘瑾的权势不仅未受抑制，他还力图扫除自己弄权的最后一道障碍——司礼监掌印太监李荣。
正德三年（1508年）六月二十六日早朝结束之际，侍班御史发现五品以下的班次的御道上多了一卷匿名文书，上面赞颂李荣等人，批判刘瑾。
刘瑾将五品以下官员三百多人留在奉天门，跪在烈日下，试图查出文书作者，却一直没人招认，期间李荣一度监跪，于心不忍，给百官送去冰、瓜等。
跪了一下午后，朱厚照传旨将这三百多名官员押到锦衣卫审问，其中有三人累死。
第二天，李东阳上书求情，朱厚照顺水推舟，释放所有官员。
与此同时，他针对匿名文书上的内容表示：“你说贤明，我偏不用。你说不贤，我现在偏要用。”
于是罢免李荣等人，擢升刘瑾为司礼监掌印太监。
有观点认为，这份匿名文书本身就是刘瑾自导自演的结果，目的就是为了排斥李荣。
刘瑾成了司礼监掌印太监后，权势日益膨胀，所有奏章都被他带回私宅，交给侄女婿孙聪和投靠他的松江府已革生员张文冕处理，既不与百官商议，也很少送交内阁拟旨。
他还经常为朱厚照安排杂役，待到朱厚照兴致渐高，刘瑾便抱着各衙门的章奏，恭请朱厚照裁决。
朱厚照总会不耐烦地说：“朕用你是干什么的，这些琐事还要烦朕吗？快走！”
几次之后，刘瑾便不再恭请朱厚照裁决了，所有政务都由他一手包办。
此外，刘瑾还借助厂卫的力量来强化权力，他的同党丘聚掌握东厂，还恢复了西厂，由另一同党谷大用统领。
他还怂恿朱厚照建立内行厂，交给他自己亲自统领，凌驾于东西厂之上。
他利用这些特务机构陷害异己尤其是言官，安奎、张彧、周玺、黄景等官员均受到迫害，轻则削籍，重则致死。