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五月二十二日，马士英奉邹太后到达杭州，潞王朱常淓以及在杭州的官员都来朝见。不久，方国安领着一万多人马也逃了回来，并带来黄得功战死，弘光帝被俘的确切消息。
六月初七，邹太后发布懿旨，命潞王监国。以太后懿旨的名义，是为了给朱常淓即位继统增加合法性。然而，这时的情形已经和一年前大不相同，朱常淓惟恐自己将成为清军打击的主要目标，拒绝接受。在大家的反复劝说下，他才勉强答应。
六月初八，朱常淓就任监国。祁彪佳也早早地被请到杭州，拜为兵部侍郎，总督苏州、吴松兵马。祁彪佳的兵部侍郎明显是个虚衔，其实是被马士英以一个从二品的官衔远远地打发了出去。
所以，在初八的监国庆典上，祁彪佳只能站在角落里，看着身着蟒服玉带的马士英、朱大典一党站在前排，一个个恬胸堞肚、趾高气扬。上面的潞王远远瞅见素服角带，相貌清绝的祁彪佳，问：“此为谁？”
与马士英并立的大学士黄道周抢先答道：“山阴祁彪佳！”
潞王欣然，亲自走过来，谓：“先生真一代忠良，今日幸与共任大事。”又执马士英的衣袖，云：“马辅遇事要多与祁先生商量。”
马士英哼了一声，傲然不肖地将脸转到一边去了，丝毫没给潞王面子。而现在，只能仰马士英鼻息的朱大典，立刻跟上了，云：“祁家不知事，吾从行在为圣驾开道来，何不问我？”
祁彪佳见马士英如此大不敬，已然动怒，不禁看着朱大典冷笑道：“既为圣驾开道，今日圣驾安在？”一句话，暗讽其不能保着弘光帝远遁，说得朱大典紫涨了面皮，楞在当场。
马士英心里这个气啊！示意朱大典赶快辩驳。祁彪佳的话，分量太重了，要是被做实，朱大典这个蠢材就是死罪啊！见朱大典半天还是不能辨白，马士英只得亲自为他开托了，“大典开道在前，安知圣驾所在？
今日潞王庆典，世培一身素服，又是何居心啊？可是对潞王不满？”
说着，用阴冷的眼光盯着祁彪佳，来而不往非礼也，祁彪佳也不客气地盯着马士英，“潞王只是监国，当今天子被清虏俘获，生死未卜，不该穿素吗？”
好长时间，大殿静了下来，马士英半晌开口道：“世培是责怪在场诸公皆有过，要独善其身为三闾大夫了？不知何日投江啊？”
祁彪佳笑了，“当日，世培赋闲在家，可谓不在其位，不谋其政。但圣人云：主忧臣辱，主辱臣死，乃为臣之道。
世培虽驽钝，如为首辅，早死社稷去了！”
马士英被说得哑口无言，也不和潞王见礼，竟一顿足，带着一干亲信，拂袖而去了。
当日晚间，潞王留下祁彪佳，在殿中单独召见了他，并坐赐茶罢，问：“今日，何以教我者？”
祁彪佳对于：“用贤臣，收人心，破故套，行王道，为今日要务。”
潞王脸色一变，半天才冷冷地说： “和气致祥，家不和事不成。”并端起了茶杯。
祁彪佳大窘，知道志不同，道不合，于是只得拜别而出。
祁彪佳的意思，是劝说朱常淓不要只看到马士英、阮大铖等掌握的少数兵力，实际上，清军没有占领的地方还很大，仅在浙江本地的兵力就几倍于马党。谁知，人家根本不愿意听下去了。
第二天，朱常淓这个扶不起来的阿斗，就按照马士英的意思，派出使节，以割让江南四郡为条件，去同清军讲和了。
祁彪佳得到消息，如同被狠狠地打了一计耳光。当年，姜曰广、刘宗周几位宿老，一再向自己讲明潞王如何如何是贤王，自己也就在定策问题上死力追随他们。可这位东林、复社等清流眼中的贤王，怎么又和马士英、阮大铖他们打成一片了？如此下去，浙江看来不能保全了。
祁彪佳不禁自问，弘光帝被俘，自己不为官，尚可自解。潞王要是再兵败，自己又当如何呢？总不能向马士英等一样，不守大臣气节，苟活人世吧？