阎应元骂道：“大明养士三百年，不料出汝等侯伯，毫无廉耻。元辅（阎应元的字）犹有心肝，宁为义死，不为利生。”
青史上至此留下“大明有降将军，无降典史。”的典故。
刘良佐被阎应元说得羞愧难当，督促部下拼命攻城，但久未攻克。
八月时近中秋，守将阎应元与清军约定十七日后方交战。中秋夜，城内军民登城楼畅饮，诸生许用作《五更转曲》，歌声舒展轻曼，和以笙笛萧鼓：
“宜兴人一把枪，无锡人团团一股香，靖江人连忙跪在沙滩上，常州人献了女儿又献娘，江阴人打仗八十余日，宁死不投降！”
歌声感人肺腑，催人奋进。“时天无纤尘，皓月当空，清露薄野，剑戟无声”。“歌声悲壮，响彻云霄”，连城外的清兵，也皆“为之泣下。”
后清军在江南的名将汇集江阴，孔有德从江宁运到大炮数十尊，四面夹攻，守兵死伤无数，仍是抵死勿动。奈老天又连日霪雨，把城堞冲坏数处，守兵防不胜防，终被清兵攻入东门。八月二十一日午时，江阴城陷落。
城陷后，阎应元自知大势已去，题诗于城门：
“八十日带发效忠，表太祖十七朝人物；
十万人同心死义，留大明三百里江山！”
然后，带领千人上马，先后巷战八次，身中三箭，跳湖自尽。
陈明遇见城破，“令闭衙举火，焚死男女大小共四十三人。”自己持刀与清军博战，身负重伤，虽死仍“握刀僵立，倚墙不仆。”
中书舍人戚勋一家三十七口，集体举火自焚，遗书中写道“非敢殉难称大明忠臣，抑求完发为大明忠鬼”。墙壁上书：“戚勋死此，勋之妻、若女、子、若媳、死此。”
二十三日， 清军将城内外居民，一一杀讫，尸如山积，共计城内死九万七千余名，城外死七万五千余名。后来江阴遗民，只有五十三人，躲避寺观塔上，方得保全。
远在福州的隆武皇帝深受感动，令史官留言：“自吾后世朱家子弟，即遇江阴之人，虽三尺童子亦当怜而敬之。”
江阴战役，参加攻城的有后来晋封亲王的端重亲王博洛、敬谨亲王尼堪、恭顺王孔有德。当大部分人为史可法之流大唱颂歌的时候，明磊却认为真正值得歌颂的是阎应元、陈明遇为首的江阴百姓，在他们面前，史可法的官越大、权越重，就越显出其作用之渺小。
现在有人评价说这些举动很愚蠢，无异于飞蛾扑火，无异于以卵击石；但是，如果汉人都这么愚蠢，真的会有后来满人的天下和小日本留给我们的耻辱吗？
在江阴百姓抗清同时，嘉定县的百姓也高举义旗了。得知嘉定起义后，清吴淞总兵李成栋率所部五千多人立刻向嘉定进逼，并于路上就开始奸淫杀烧。
嘉定居民在明朝进士黄淳耀等人带领下，用大木、巨石填塞城门，誓死拒守。七月初一，李成栋猛攻嘉定城北的娄塘桥，杀死上万民众。七月初三日夜，由于天降大雨，城上不能张灯，李成栋趁黑派兵潜伏于城根下挖地道，在其中暗埋火药。黎明时分，李成栋用大炮猛轰，引燃火药，"地裂天崩"，城墙倒塌，清军乘间蜂拥而上，"悉从屋上奔驰，逼行无阻。城内难民不得逃生，皆纷纷投河死，水为之不流。"黄淳耀兄弟奋战力竭，最后相对自缢殉国。“
由于李成栋的弟弟在此之前在一次伏击战中被杀死，出于野蛮的报复之心，李成栋下令部下屠城。史载："成栋持刀，下令屠城，约日入后闻炮即封刀。时日暑正长，各兵遂得悉意穷搜，家至户到……"。清军"家至户到，小街僻巷，无不穷搜，乱草丛棘，必用长枪乱搅"，一心要杀个鸡犬不留。
当时的惨景，有亲历者朱子素的《嘉定屠城略》作证："市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍"，一幅活的人间地狱图。
清军遇见年青女人，就当众白昼轮奸。如遇抵抗的妇女，这些人形兽物就用长钉把抵抗妇女的双手钉在门板上，然后再肆行奸淫。一顿杀戮过后，李成栋属下又四处劫掠财物，见人就喊"蛮子献宝"，随手一刀，也不砍死，被砍人拿出金银，清兵（其实是前明军）就欢跃而去；腰中金银不多者，必被砍三刀，或深或浅，刀刀见骨。当时"刀声割然，遍于远近。乞命之声，嘈杂如市"。最后，这五千拖着大辫子的汉人清军竟抢夺三百只大船的财物，统统在李成栋的指挥下运离嘉定。此为嘉定一屠，共有近三万人被屠杀！