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当得知周明磊果真夺回了澳门以后，总督大人给“十七绅士会”去了急信。1648年，阿姆斯特丹的“十七绅士会”正式批准了范－丹的申请，将由八十八艘主力战舰组成的庞大舰队开往巴达维亚，以增强公司在亚洲的军事优势。
而明磊彻底解决澳门问题，其实也就是在1647年的7月。
澳门在广东香山县的东南，去县治陆路一百四十里，水路一百五十里的一块岬地，有南北二湾，可以泊船，二湾规圆如镜，故称濠镜澳。在濠镜澳的南面有四山离陆，海水纵横其间，成十字，曰十字门，海船由此出入，故合称澳门。
万历二年（1574年），明朝官员在澳门与大陆之间的必经通道—莲花茎，修建了一座称为官闸门的城楼，定期开启，以便控制“澳夷”。
时至今日，葡萄牙人已经在这里修建了一座贫民医院，三个教会、一个慈善堂，约有五千基督徒，四千华人和上万的奴隶，再加上1636年被德川家驱逐的欧亚混血儿和他们的日本妻子、日本母亲，至少有了两万五千常住人口。现在，在澳门北面，已经形成了一条日本建筑风格的街区，日本裔的保罗－多斯－桑托斯教士还成立了专门培养日本流亡者成为教士的神学院。
毕方济神父是从桂林风尘仆仆地赶回肇庆的。他现在的日子，过得别提多充实了。广东就不用说了，现在在广西，不光有首辅瞿式耜的眷顾，连永历皇帝的皇后、嫔妃都成了基督教徒，看来自己离回梵蒂冈觐见教皇为期不远了。
明磊看着神采奕奕的毕方济神父，笑眯眯地说：“邱辉攻克马尼拉的消息，主教大人知道了吗？”
对于这件事，毕方济神父的神情一下变得不自然了。虽然现在和西班牙是敌人了，但马尼拉的大多数上层毕竟都是信仰基督教的朋友，就这样被明磊象畜生一样的虐待，物伤其类，心里能好受吗？
但话又说回来，现在在南明的这几个省，惠国公的威望越来越大了。半年没有见面，明磊身上的威仪也是与日俱增。“见永历帝也没有见你可怕。” 毕方济心里嘟囔着，只是点点头，并不搭言。
明磊眼睛盯着手里的茶盏，很随意地说：“怎么？主教还对马尼拉的事不满意？”
“总督大人！”方毕济不得不开口了。“我本人和我们基督会已经给您写了信，恳求您最少饶恕几个教会的教士，尊敬的阁下也满口答应了。但实情却是，他们统统被屠杀了。对此，您又做何解释呢？”
明磊笑了，而且面不改色，“主教大人！中国有句古话，叫将在外，君命有所不受！何况马尼拉离这里有万里之遥，等我的释令到达的时候，他们早就人头落地了。对此，我除了遗憾还能做什么呢？
现在，吕宋岛那里的当地教徒还在，只是缺少负责任的教会前去引导他们走正路。我只是希望基督会能派人前去传教，而且我保证，只有基督会，再没有圣方济会、天主教多明我会等其它教派的存在，如何？”
能够在吕宋岛上单独传教，这的确是个好消息，果真如此，就算梵蒂冈去不了，接任下任中国基督会的会长应该不成问题了。但方毕济太了解明磊了，和这个人打交道，就不会有什么免费的午餐。
“尊敬的总督大人，那基督会有什么能为您效劳的吗？”此时，方毕济的声音听起来有些迟疑了。
明磊放下茶盏，不慌不忙地抬眼看着方毕济，“其实也没什么！我就是打算近期收回澳门，希望基督会能够理解，并继续留在澳门，一句话，该干什么还干什么去。”
方毕济一下惊呆了。“难道明磊这条被我们基督会救活的毒蛇要翻过身来咬自己的恩人来了？”方毕济就这样愣愣地看着明磊，说什么呢？想到邱辉的海军，他心里明白，就凭澳门的那点陆军和战船，真要打起来，连坚守三天的可能都没有。但就这样任其宰割，基督会怎么对得起葡萄牙国王陛下啊？
明磊看着目瞪口呆的方毕济笑了，“怎么了，我的主教大人？”
“皮之不存，毛之焉附！”方毕济不禁冒出这么一句。随之他的心情也就定了下来，没有了澳门，就没有了基督会在中国的大本营，什么南北教区立时就是空中楼阁了。周明磊这是在吓唬自己，借以提高要价。方毕济心头一松，觉得总算逮住明磊的狐狸尾巴了。
明磊还是盯着方毕济的眼睛，渐渐收起了笑容，“真的！我说的是真的！”
“什么？”方毕济一下跳了起来，也用眼睛直视着明磊，没有一点退缩和犹豫。
明磊并不生气，甚至连表情都不变，“也就是你啊！我的老朋友。换做别人，我早就把他给剁了！说罢，如果我收回澳门，还让你们停留于此，你们到底会失去什么？”
方毕济的心思飞快地转着，他并不回答这个问题，反问道：“澳门是大明皇帝租借给我们的。万历年间的《广东赋税全书》把这五百两的地租记录在案，永历皇帝陛下也没有收回此地的意思。您能告诉我这到底是为了什么吗？”
“这和朱由榔没有关系。我也知道现在就连皇后殿下也是您的教友了，您对万岁很有影响力。但，在广东这一亩三分地，我说了算。我不能容忍在我的属地有对别国效忠的土地存在。希望阁下您明白，这关系着国家的利益和尊严，没有什么商量的余地。”
方毕济冷冷地看着明磊，“既然如此，总督大人还和我谈什么呢？”
明磊笑了，“基督会对我有恩，在这件事上，我希望尽量避免你们的损失，所以我才问，你们到底会失去什么呢？”
“土地、财产、一切的一切。”方毕济夸张地耸耸肩，“原本那里连一个小渔村都没有，现在已经是远东的第一流的海港了。我们的感受，就好像勤劳的农民，把原本荒凉的土地变成农田以后，却被原来的主人蛮横的赶走了。”
明磊的脸一下沉了下来，这些洋人怎么蹬鼻子就上脸啊！是不是自己对他们太过客气了。方毕济看到明磊的脸色变了，马上联想到马尼拉传教士的下场，连忙闭上了嘴。
明磊不高兴地说：“好了，老朋友。咱们兜圈子的话就不要说了。告诉你我的底牌，我会在澳门成立一个自治县，你们现在的议会形式保留，但推举的县令人选要由广东布政使认定，方可生效。澳门和现在一样，还是一个人口可以随意进出的自由港，什么都不会有变化，只是司法、防卫、税收交给广东省负责。”
方毕济愣怔了好半天才理解了明磊的意思，觉得这样一来，对基督会在澳门确实没什么太大的影响，但事关重大，还是表示要向总会和澳门总督汇报此事。
“老朋友！我刚才说得，是决定不是议题，没什么好讨价还价的。回去只是商量一下基督会的去留而已。至于澳门总督，我和他素未平生，不杀他已经是看在你的面子了，我的手下倒是很希望他敢于一战呢！”
“是不是可以和澳门总督伯恩斯－麦克纳尔见上一面，好好谈一谈？”
“见他？”明磊轻蔑地撇撇嘴，“澳门原本只是香山县治下的一块巴掌大的地方，准许它单独成立县治，已经是格外开恩了。这个伯恩斯充其量不过相当于一个芝麻大的县令，也敢开牙说来见我？”
见方毕济的脸有些发红，明磊的话锋一转，“算了，不让阁下为难，我就特批他见见广州府的知府吧！”
见方毕济已经没了继续谈话的心思，想到“贫贱之交不可弃”的老话，明磊还是亲自送方毕济出门。在分手前，明磊低低的声音对他说：“主教大人不必烦恼。其实基督会是基督会，澳门总督府是澳门总督府，只要你不混在一起，就没有什么变化。有我在，底下人谁敢难为你们。阁下不过为伯恩斯带个话，有什么大不了的？”
方毕济点点头，匆匆上路了。
接下来，伯恩斯和广州知府丁修平谈判了三回。最后，邱辉的半数主力舰包围了澳门海港，才让这些葡萄牙人闭上了嘴。三天之后，澳门总督府尖顶上的旗帜终于换成了大明的黄龙旗。但惊奇的是，连伯恩斯都没有选择离开。对此，明磊很是不解。
方毕济笑了，“怎么，聪明的总督大人？伯恩斯如果回到里斯本，未战而降，说不定会被流放的。现在留下来和您夫人的商行合股开海运公司，不是肯定能赚钱吗？任谁，也会选择留下来做富翁，而不是跑回去当流放犯的！”