通过这一连串的盛大仪式，孙可望、李定国、刘文秀统辖下的大西军算是正式遵奉南明永历朝的正朔，向世人承认自己投降了大明，从此成了大明的臣民。
一朝权在手，孙可望积蓄以久的力量总算得到了迸发，首当其冲的，自然是要将自己对云贵两省的绝对控制变得顺理成章。孙可望大笔一挥，现在云南各府县任上的原大明各级官吏，一律留任，并隆重地用秦王金印重新颁发了一遍任命的诏令予以确认，重新铸造了各府司衙门的印信，所颁新印篆文也别有深意地由明朝的九叠文改为八叠文。
正完名，接下来要做的当然是立威了！孙可望立时着手大张旗鼓地展开“重廉吏，除贪酷”的运动。亲自任命弓匠出身的大西军老部下工部尚书王应龙行巡按事，委派大西军的数十名老兵易服sè，暗自访察各地。史载：“一时间，有廉者立加奖擢，贪者立拿斩首，传示各府州县。”
于是，很短时间内，孙可望凭着大开杀戒，很快就弄出一个号称“全滇之官无一人敢要钱者”的清廉世界。
平定云南官场的同时，孙可望还四处派出大军，马不停蹄地以永历年号“驰金龙牌，抄敕册文遍调土、汉官军皆为之下，自称监国秦王臣，布告云、贵、川、楚诸勋镇”，要求贵州、四川、湖广等地的南明军队会盟，听从节制。
当时，上述这些地方的各州，不是知府就是司马老爷，从桂林买个爵位回来，就自称总督、督师、甚至监国，dúlì收税，独自练兵，俨然成了国中之国。哪里肯听可望的调遣，更有不少满嘴狂言，“什么时候冒出了一个秦王？老子还是世袭国公爷呢？凭什么要听你的？”
这些人，实在有些夜郎自大，一律嘴上厉害，真等大西军兵临城下，大半就此降了；少数敢于顽抗的，也没有能走上两个照面，几场恶战打下来，大西军大获全胜。
很快，大西军就以摧枯拉朽之势，扫荡黔之全境、川之南部、湖南的北部，凭借武力彻底收编了永历朝廷残存的地方割据武装。
对此，桂林的小朝廷很是不满意，但明磊却公开站出来表示支持。平心而论，孙可望此举，完全必要，也是非常正义的。不把这些祸国殃民的军阀势力扫掉，这些残疆剩土也不可能真正政令统一，完全发挥其效能，成为大西军坚实的后方基地。
孙可望接管贵州和四川南部地区以后，采取了果断措施加以整顿，在很短时间内就把黔、川治理得井井有序。他派白文选镇守贵州，收编当地的散兵游勇。对永历朝廷滥发的文、武官员劄付全部收缴，裁革了一大批鱼肉人民的冗官，凡官员犯法，重则斩首、剥皮，轻者捆打数十，仍令复任管事。除去革降罚俸等罪，兵民亦如之，无流徒笞杖之法。
这种雷厉风行的惩治贪污，荡涤了明朝相沿成习的污泥浊水，改善了吏治。同时，孙可望还致力于恢复农业生产，保护商业流通。史籍记载，“安抚遗黎，大兴屯田，远近多归之。并令征虏将军（冯双礼）招通平越商贾，失货物者量偿之”。
经过孙可望大刀阔斧的整顿，所辖之地的面貌为之一新。
可以看出，孙可望的治国思路和明磊还是有本质不同的。明眼人都知道，崇祯一朝，始终在财政崩溃的边缘挣扎，从未有过一丝好转。接下来，无论弘光、隆武还是永历，除去外患，最大的内忧就算财政的进一步恶化，弄得无论是朝廷还是地方的财政，都已到了崩溃的地步，上上下下都嚷缺钱，每行一事，都要先将银子付了再说。
也许旁人还无动于衷，但在明磊看来，这可真是一件很奇怪的事情！原因很简单，明磊来自遥远的未来，依照那个时代的所有经典著作，简直众口一词的论调都是：“晚明商品经济的发展，既是社会分工发展到一定程度的结果，更会进一步促进社会分工，随之而来的是生产效率的提高，经济总量的增长。”
可问题就是，如果按照常理，经济发达了，无论朝廷还是广大民众就应该从这种增长中获益才是，可朝廷朝廷穷的丁当响，百姓被逼得举众造反了。原因其实很简单，正应了老子的那句话，“不患寡，而患不均。”
从明中期以来就开始的商品经济发展及其创造的财富，不仅没有被zhèngfǔ合理地分配、共享，反而导致了社会阶层之间、地区之间、zhōngyāng与地方之间等各个方面的冲突。面对这些冲突，朝廷上下几乎是束手无策，眼睁睁地看着大明朝一步步地滑向深渊。
说的详细一点，明代前期，经过大的战乱，整个国家的经济水平顶多处于自给自足的小农水平，朱元璋审时度势，规定了朝廷的财政收入基本上是以本sè为主，再辅之以劳役征发。应该承认，这是符合当时社会情况的，于是，在这种制度安排中，一切的税收基本上是建立在土地税上的。
但从明中期开始，随着社会经济结构的变化，这种税收体制没有发生变化，只是从正统元年（1436）开始，改征金花银，即把南方诸省400万石米麦改折成白银征收，开了实物赋税向货币赋税过渡的先河。
从此以后，货币赋税的比重越来越重，至万历初张居正全面推行一条鞭法，更使赋税征收全面货币化，劳役征发的比例也大大降低。
而后世的这些专家们，大多认为张居正的改革主要就是将实物征收体制逐步转化为货币征收体制。他们所谓的一条鞭法，简而言之，就是朝廷从前所征的实物、所役的劳力，现在大部分改成征收货币。
其实，他们忽视了张居正改革的原因，那就是朝廷实在是没有钱了。朝廷的财政要不发生危机，至少也要开源节流：一是要把该收的钱如数收缴上来，二是要做到收支基本平衡。而张居正要做的，恰恰是第一点，如何开源。
要能把朝廷该收缴的钱都如数收上来，环节当然很多，但最基本的就是要有稳定的纳税人，就是说，该交纳赋税的人要愿意交纳而且要交纳得起才行，同时还要保证交上来的钱能如数流入国库，不被贪污挪用。
在当时的那种条件下，张居正是不可能想到将rì益壮大的制造业、商业上的税收发展成主要税种的，他的着眼点不可避免得还是土地，视它为最大的一宗财产。而从明中叶开始，土地占有关系发生了很大的变化，那就是土地兼并的趋势越演越烈。土地越来越集中到社会中的少数人手中，不要说富农、甚至中小地主也纷纷丧失土地，沦为无地的佃户。