?阿飞为了夺取轮回眼来到雨忍者村，并杀死了一心守护长门遗体和轮回眼的小南，更和获得大蛇丸力量的兜联手，以兜的秽土转生大军和阿飞的白绝大军发动了战争。五大国的忍者们也团结一致，组成忍者联合军，第四次忍界大战终于开战。鸣人在修行期间察觉到了外部的战争，和奇拉比一同赶往战场，而佐助也在移植了鼬的眼睛之后赶往战场。
秽土转生的忍者们和白绝接连被打倒，这时兜突然把真正的宇智波斑利用秽土转生召唤出来。五影为了对付斑而一同赶到战场，鸣人和奇拉比则与阿飞和人柱力军团展开战斗。
佐助在赶往战场的途中与秽土转生的鼬相遇，为了向鼬询问当年的事情而追赶鼬，和鼬一同来到兜的根据地，两人联手打倒了兜。鼬解开了秽土转生之术，和佐助告别，而佐助则为了寻找答案而利用大蛇丸的咒印复活了大蛇丸，和“鹰”的成员一起前往木叶忍者村，利用秽土转生之术使历代火影复活。
佐助从初代火影那里得到了自己想要的答案，希望能守护鼬的意志，而和历代火影一同赶往战场。
阿飞的面具在鸣人等人的奋战之下被打碎，众人也发现阿飞的真实身份竟然是卡卡西的昔日好友宇智波带土。带土当年在大战期间死里逃生被斑所救，由于目睹卡卡西杀死琳的瞬间而对世界陷入绝望，此后便继承斑的意志打算实现“月之眼计划”。带土和斑复活了集结所有尾兽力量的十尾，鸣人这边也集合联合军忍者的全部力量与敌人展开战斗，而佐助也随后赶到，昔日的第七班终于再次重聚。
带土获得了十尾之力，一度让众人陷入苦战，并打算利用十尾的本体神树发动月之眼，但在众人的奋战之下其体内的尾兽也被抽离，鸣人说服带土重新正视自己。带土在奄奄一息之时遭到黑绝的控制而发动轮回天生之术使斑完全复活，斑抽离了鸣人体内的九尾，又用剑刺穿了佐助的身体，在夺取了全部尾兽之力后成为十尾人柱力。阿凯为了打倒斑而开启八门遁甲，差一点便将斑逼入绝境，但阿凯最后还是因为力量耗尽而倒地。
鸣人和佐助在生命垂危之际见到了六道仙人，并被六道仙人赐予力量而获得了更加强大的力量。重返战场的鸣人和佐助利用六道之力压倒了斑的力量，但斑在夺回了轮回眼之后开始施展无限月读，让全世界陷入了幻术当中。鸣人、小樱和卡卡西受到佐助轮回眼须佐能乎的保护而免于一难。斑遭到黑绝的背叛，黑绝利用斑的身体使六道仙人的母亲辉夜复活。辉夜的目的是利用无限月读制造白绝大军并取回自己的查克拉，为此而打算将妨碍她的鸣人等人抹杀，将在场的众人传送至自己的空间。