?鸣人在正式考试的第一场击败了人称天才的日向宁次，向大家证明了自己的实力。但在考试中途，音忍和砂忍们开始向木叶忍者村发动攻击，考试也被迫中止。大蛇丸向第三代火影发起挑战，在一场激战过后，第三代火影战死，而大蛇丸也付出了失去两只手臂的代价，被迫撤退。鸣人则与砂忍者村派来的“兵器”我爱罗交手，并打败了我爱罗。
木叶忍者村由于大蛇丸的阴谋而受到极大的损伤，就在此时，已经叛离木叶的宇智波鼬突然现身。鼬是佐助的哥哥，曾经将一族的人们全部杀光而离开村子，这次他与雾忍者村的干柿鬼鲛一同来到木叶，似乎是以鸣人体内的九尾作为目标，并且是受到名为“晓”的组织的命令。佐助得知鼬回到村子，向鼬发起挑战，但却遭到惨败。此后，自来也为了寻找新任火影的候补人选纲手，同时也为了帮助鸣人修行，而和鸣人一起外出寻找纲手的下落。
大蛇丸找到纲手，希望她能治疗自己的双手，并提出可以让她再次见到她最重视的两人的条件。纲手为此犹豫不决，这时鸣人和自来也找到了她。纲手对继任火影一事心灰意冷，但她看到鸣人为了成为火影的梦想而刻苦修行的样子，也逐渐改变了想法。之后纲手拒绝了大蛇丸的请求，昔日的三忍展开激烈的战斗，鸣人也终于练成了自来也所传授的螺旋丸，打败了大蛇丸的随从兜。最后大蛇丸被逼退，纲手跟随自来也和鸣人回到木叶，成为第五代火影。
佐助因为鸣人实力的飞速成长而感到焦虑，这时大蛇丸的使者音忍四人众前来说服他离开木叶前往音忍者村。佐助为了得到更强大的力量以向鼬复仇，而离开了村子去找大蛇丸。鸣人、鹿丸等人结成五人小队前去追赶佐助，途中分别与音忍四人众以及随后赶到的君麻吕展开战斗，期间得到了砂忍者村援军的助力，好不容易才将敌人一一击败。鸣人追上了佐助，但佐助不打算回到村子，两人使出浑身解数展开激战，最后鸣人还是功亏一篑，败在佐助手下而没能挽留佐助。之后鸣人回到村子，打算和自来也一同外出修行，以使自己变得更强。
在外修行了两年半的鸣人回来了。但此时的“晓”也开始蠢蠢欲动，已经成为砂忍者村风影的我爱罗被“晓”成员迪达拉和蝎掳走。鸣人和卡卡西小组为了救出我爱罗而前往砂忍者村，并找出了“晓”的根据地，但我爱罗已经被抽离尾兽而死亡。愤怒的鸣人不顾一切地追赶迪达拉，而小樱和砂忍者村的千代婆婆联手与蝎交战，最终将蝎打倒。千代婆婆牺牲自己的生命，使用转生忍术将我爱罗复活，鸣人他们回到木叶忍者村。
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