?贞观二十二年（648年）五月，太宗处理完天竺的事务之后，便起驾前往宜君县凤凰谷的玉华宫养病。
虽然身在玉华宫，但太宗始终心系朝政。自贞观十七年，宫廷出现了废立太子之争，当时的太子承乾放荡不羁，不近正士，甚至纠集党羽，密谋为变，终于十七年事发被废。承乾被废后，太宗原想立魏王泰或吴王恪为太子，但遭到魏徵、长孙无忌等人的反对，在长孙无忌、褚遂良等大臣的推戴下，终于立了晋王治为太子。在此之后的数年间，魏徵、高士廉、萧瑀等大臣相继逝去，李靖、房玄龄又均在病中，现时朝中止得长孙无忌、褚遂良等人支撑着，而太子李治又年少学浅，并无建树。太宗此时有一种强烈危机感，感到朝中的力量正日趋转弱，由此想到朝野之中最具影响力的莫过于玄奘大师，于是诏玄奘赴玉华宫伴驾。
六月庚辰，玄奘携《瑜伽师地论》等新译经卷，应诏到玉华宫谒见太宗。
玉华殿内，太宗与玄奘相见甚欢，太宗道：“朕在京城酷暑难忍，故来此山宫静养。这里泉石既凉，气力才稍觉好转。亦借此机会与奘师一聚，所以辛苦奘师涉途劳顿了。”玄奘道谢：“四海黎庶依陛下而生，圣体不安，则万民惶灼。现得知陛下在此休宜安健，凡有情者莫不欢欣蹈舞，愿陛下永保安康与天无极。玄奘不过是一庸薄比丘，蒙召不觉为劳。”
一番客套说话之后，太宗转入正题，再次力劝玄奘还俗辅政：“昔日尧、舜、禹、汤之君，隆周强汉之主，莫不仰仗群贤相辅。朕自问比不上明王圣主，当然更需要众哲贤者的辅助啊。意欲奘师脱须菩提之染服，挂维摩诘之素衣，升铉路以辅政，坐槐庭而论道，奘师于意何如？”
玄奘听罢，即对太宗说了一番盛赞的说话，极力称颂太宗的文治武功，再陈明六点圣明之主不假他人之手的理由，最后表明心迹：“守戒缁门，阐扬遗法，是沙门玄奘的大愿，望圣上慈悲，终不夺此志也。”玄奘又一次婉言谢绝了太宗的劝请。
太宗见玄奘坚决不愿还俗，于是叹息道：“朝中象奘师这样一心不二的人不多，既然奘师有志于敷扬妙道，朕也勉强不得，从今以后，亦当助师弘道。”
太宗又问：“奘师，最近翻译了什么经论？”
玄奘答道：“《瑜伽师地论》一百卷已经翻译完毕。”
“何为瑜伽？”
“‘瑜伽’一词系梵文的音译，原意是指给牛上轭，以后引申为连接、接合、归一、和合等含义。以前一般将“瑜伽”意译为“道”、“神”、“相应”等。
“‘瑜伽’原是古印度先哲对宇宙生命的探讨和实践总结出来的一系列修行功法，在佛陀成道之前，印度的各阶层已流行多种瑜伽派别，而那些修行得道者，也就被称做“瑜伽师”。由于古代印度各宗、各派的要求和形式不同，所以瑜伽的名目也非常繁多，其**同认可的修持方法，就是持戒、精进、坐法、调息、制感、执持、禅定、三摩地等瑜伽八支行法。
“伟大的释迦牟尼佛在菩提耶迦以金刚般禅定，降伏了一切内外魔，灭刹那极微之尘垢，超越了印度各派瑜伽的最高定境——非想非非想处定，达到了瑜伽最完美的境界——无上正等正觉。
“佛陀圆满成佛后，为启发一切小乘行人修断我执，以四谛相转正法轮，说一切法有，转动声闻、缘觉二乘。其后为了引导发心修大乘者，说一切法空，转动了以般若波罗密多为中心的无相般若法轮。佛陀第三转的法轮，是普遍为发趣一切乘人，依一切法皆无自性，无生无灭，本来寂静，自性涅槃，以明显的事物表相，宣说三性三无性之道理，以显了相转正法轮，说一切法‘非空非有，亦空亦有’之中道义。此一时说在六识之后建立第七识未那识与第八识阿赖耶识，而前六识为大小乘各派的理论基础，此一时说偏重于建立第八识阿赖耶识，直指心性是佛。
“《瑜伽师地论》是第三时说指导瑜伽修证的一部核心经典，也是大乘瑜伽行学派的基本论著。玄奘西行的最初动机是始于本论，在那烂陀寺学习五年也是为了修习本论。本论说三乘行者由闻思等次第修习瑜伽，随分满足，展转调化诸有情，所以名瑜伽师。瑜伽师修行观行时，所依所行的境界名为瑜伽师地。问决择诸法性相，故名为论。此论明瑜伽师所行十七地，故名《瑜伽师地论》。”
太宗又问：“如此大论，是何圣者所说？其中又阐明什么义理呢？”
玄奘取出《瑜伽师地论》一百卷，呈给太宗：“《瑜伽师地论》是弥勒菩萨所说，论中详细纪录了无著菩萨亲闻慈尊弥勒菩萨从兜率陀天降临中印度阿逾陀国讲法堂的经过，其中详述瑜伽行的观法，说明眼、耳、鼻、舌、身、意六识及其所认识的客观对象，都是人们的根本心识，即阿赖耶识所幻化的假象；论述禅观逐次发展过程中的精神境界以及修习瑜伽禅观的各种果位。它以分相有无开始，最后排斥名相，始能悟入中道实相，不起空有的执着，获得终极的超脱。由于本论论述了瑜伽师修行时所经历的十七个阶段，所以又称《十七地论》。”
于是太宗详览经卷，玄奘在旁略陈大义。
阅毕，太宗掩卷叹谓：“朕观佛经譬犹瞻天望海莫测高深，奘师能于异域得是深法，朕比以军国务殷不及委寻佛教。而今观之宗源杳旷靡知涯际，其儒道九流比之犹汀滢之池方溟渤耳，而世云三教齐致此妄谈也。”言毕，即敕令秘书省许敬宗等学士，书写新翻经论为九部，发给雍、洛、并、兖、相、荆、杨、凉、益等九州，使诸经论展转流通。
玄奘再提为新译赐序的请求，太宗欣然命笔，书成千古名篇《大唐三藏圣教序》。在序文中，太宗对玄奘大师的德行、操守、事业，极尽推崇赞叹，直称奘师为“法门之领袖也”，并赞颂他“松风水月，未足比其清华；仙露明珠，讵能方其朗润。故以智通无累，神测未形，超六尘而迥出，只千古而无对。”
《序》成之后，在玉华宫庆福殿举行了隆重的赐序仪式，由弘文馆学士上官仪对文武百官宣读《大唐三藏圣教序》，将此序布告于天下，敕冠群经之首。
随后，太子李治，也作《述三藏圣教序记》一篇，以称颂皇帝陛下和玄奘大师显扬正教之功德，又在京师城南曲池的净觉寺（隋称无漏寺）旧址上，兴建一座规模宏大的大慈恩寺，以追报母亲文德皇后的慈恩。
《大唐三藏圣教序》和《述圣记》两篇序文一出，立即轰动朝野，弘福寺及京城僧众上表，请求将经序、述记刻之于金石，藏之于寺宇。敕准后，弘福寺僧怀仁法师，临集晋右军将军王羲之的墨迹为铭，刻于碑石，遂流传后世。
贞观二十二年七月初五甲申日，太宗在玉华宫，见太白金星在白天显现，与日并行于中天。太史占卜：“女主将兴矣。”又奏民间广传的《秘记》中言：“唐三世后，女主武王，代有天下。”太宗闻之不悦，想起玄武门守将李君羡，小字“五娘”，官拜左武卫将军，且是武安武连县人，又封武连县公，其官衔封爵籍贯都带“武”字，莫非“女主武王”应在此人身上？于是贬为华州刺史。十三日，御史弹劾李君羡勾通妖人，图谋叛乱，太宗于是下诏杀华州刺史李君羡。
李君羡伏诛后，太宗又密召太史李淳风问道：“《秘记》所言，是真是假？”李淳风答道：“臣仰观天象，俯察历数，其人已在陛下宫中，是陛下的亲属。自今日始，不出三十年，当王天下。陛下子孙，恐难免为其所害了。”太宗闻言大惊：“疑似者尽杀之，何如？”淳风道：“天数已定，人不能违，况且真王不死，徒然多杀，反增戾气。再说三十年后，那人已经老了，也许该存有慈善心肠，祸害可能会小些。即使如今杀了此人，后天复生一强壮的人物，益肆怨毒，那时恐怕陛下的子孙就没有幸免的了。”虽然难免耿耿于怀，但太宗还是只好作罢了，他断没有想到，日夜陪侍身边的媚娘，就是三十年后轻取大唐江山的“女主武王”。
过了几天，又闻京师留守房玄龄病重的消息，太宗即接他到玉华宫就医，房玄龄在儿子遗直、遗爱和儿媳高阳公主的陪同下，乘坐肩舆进入殿内，到太宗御座旁边才下舆车，一对君臣在玉华殿相对流泪。
一日，房玄龄对他的儿子房遗直和房遗爱道：“皇上待我恩深德厚，如今天下无事，只有东征高丽一事没有停止，众位大臣又不敢劝谏，如果连我都不说话，真是愧为人臣了。”于是上奏表劝谏，以阻止太宗出兵高丽。奏表称：“老子曰：‘知足不辱，知止不殆。’陛下功名威德亦可足矣，拓地开疆，亦可止矣，且陛下每决一重囚，必令三复五奏，进素膳，止音乐者，重人命也。今驱无罪之士卒，委之锋刃之下，使肝脑涂地，独不足愍乎！向使高丽违失臣节，诛之可也；侵扰百姓，灭之可也；他日能为中国患，除之可也。今无此三条而坐烦中国，内为前代雪耻，外为新罗报仇，岂非所存者小，所损者大乎！愿陛下许高丽自新，焚凌波之船，罢应募之众，自然华、夷庆赖，远肃迩安。臣旦夕入地，倘蒙录此哀鸣，死且不朽！”
太宗览表后，十分感动，亲自去探视房玄龄。房玄龄此时已病得奄奄一息，太宗握着他的手对高阳公主说道：“你公公病得这么厉害，还能为国家的事担忧，真是良臣啊！”说完，悲痛得不能自禁。次日，七月癸卯（二十四日），房玄龄去世，享年七十岁。为了深切悼念贤臣，太宗特废朝三日，追赠其为太尉，谥号文昭，厚葬于昭陵，享祭于太庙。
但是，房玄龄的苦谏，并没有打消唐太宗征服四夷的决心。
房玄龄去世后，太宗也自感心力衰竭，虽服食丹饵，也不见效，反而令病情更趋恶化。身体的每况逾下，使太宗对死亡产生了恐惧，而这种恐惧，则来源于他对大唐江山的忧虑，其结果导致了太宗在贞观末年加紧四处用兵。李世民要在有生之年，打下一个太平江山传给下一代，好让李唐子孙能坐享其福。
八月辛未，太宗派遣左领军大将军执失思力从金山道出兵，进攻薛延陀残余势力。九月，庚辰（初二），昆丘道行军大总管阿史那社尔进攻处月、处密等部，一举将其击败，余众全部投降。
九月己丑（十一日），新罗向朝廷上奏，称百济进攻其国，攻掠十三座城池。太宗敕令越州都督府以及婺、洪等州修造海船及双舫战船一千一百艘，以再伐高丽，致使雅、邛、眉三州造船民工不堪重负而造反，加上连年干旱，蜀地粮价猛涨，并引起剑阁一带发生骚乱。太宗闻奏后，即派司农寺少卿长孙知人前往视察。知人上奏称：“蜀人脆弱，不耐劳剧，大船一艘，庸绢二千二百三十六匹。山谷已伐之木，挽曳未毕，复征船庸，二事并集，民不能堪，宜加存养。”太宗于是敕令所有造船费用均由朝廷供给。
经过诸事烦扰之后，太宗问玄奘道：“欲树功德，何最饶益？”
此时，玄奘已于玉华宫内译出译《能断金刚般若波罗密经》一卷。玄奘将新译呈上，回答道：“众生寝惑，非慧莫启。慧芽抽殖，法为其资。弘法由人，即度僧为最。”于是，太宗在九月下诏度僧，诏曰：
昔隋季失御，天下分崩，四海涂炭，八埏鼎沸。朕属当戡乱，躬履兵锋，丞犯风霜，宿于马上，比加药饵犹未痊除，近日以来方就平复，岂非福善所感而致此休徵耶？京城及天下诸州寺宜各度五人，弘福寺宜度五十人。
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