而路飞此时要做一件更重要的事情，以保证这片海域在阿龙被逮捕之后，还能如现在一般安宁及和平，这才是一个合格的海军必须要做的事情。
路飞拿出配备给自己的电话虫，拨通属于卡普的信号，“爷爷，我拿到了支部海军上校老鼠勾结海贼，奴役民众的证据。而且他勾连的海贼也已经被我打败，并逮捕。下面要怎么做？”
卡普大笑起来，“哈哈哈，不愧是老夫的孙子，这么快就把事情解决了。你现在去把老鼠控制起来，剩下的总部会派出巡查官。在老鼠被控制的这段时间里，支部由你做主，我会向战国申请这件事情。还有，做好准备，等事情完全办好之后，我会把你调到总部，重新任命你的职务！你好好表现，不要让爷爷失望！”
路飞连忙称是，想起娜美的事情，说道，“爷爷，我在剿灭海贼的时候发现一个很有天赋的航海士，麻烦的是她为了拯救自己的村庄，被迫加入了海贼团一段时间。当然，期间没有做任何伤害平民的事情。我想让她加入海军，加入我的麾下。关于海贼身份的问题，我是这样想的，我认为可以为她造一个身份，是我派入海贼团中卧底，为了掌握老鼠上校和海贼之间联系的证据。你帮我想想看，是否合适呢？”。
卡普在电话虫那头沉吟片刻，道，“既然是你看上的人，爷爷我帮你这个忙，没什么大不了的！”
路飞连忙称谢，“谢谢爷爷！等我忙完东海的事，到了总部再好好孝顺你！”然后道了声再见后挂断了通话。
路飞其实早就可以加入海军总部，为了娜美，当然其中也不乏路飞对这个时代海军的所作所为实在看不下去，想要从根上多这些事情进行修剪，净化海军的整体素质。
处理完阿龙乐园事宜后，告别了可可西亚村的村民，在返程的船上，多了一个小萝莉，娜美。
路飞对着娜美说道，“娜美，我需要和你说一下，接下来的事情。我回到基地后，将会临时代理一段时间的最高长官，而后才会前往海军总部任职。当然我也邀请你和我同行，进入海军系统学习航海知识。我们需要一段花一段时间在基地这边，希望你理解！”
娜美此时刚刚陷入从恢复自由的喜悦中，对于这点小事当然不在乎。她对于海军中掌握的航海知识也很感兴趣，现在能有机会加入海军学习，当然不会拒绝。
一路无话，等到路飞押解阿龙及其鱼人回到支部的时候，老鼠上校一众海军还不知道发生了什么。
码头之上，负责交接的海军看到阿龙等人被海军从路飞的船上押解下来的时候，才意识大事不好，一名老鼠的心腹向外就跑，准备通知老鼠这里发生的事情。
“拿下他，别让他跑了！”路飞大喝一声，指着那名往基地跑去的士兵说道。
弗莱在众人还在愣神之际，凭借着平日坚持不懈的训练得来的强健体魄，三两步赶上去，一把将其双手反剪，按在地上动弹不得。
“所有人听着，我这有来自海军本部命令，鉴于支部原海军上校老鼠，勾连悬赏金万贝利的海贼，恶龙，对包括可可西亚村在内的二十多个村子的平民，进行了残酷的压迫，恶意勒索，甚至于残杀无辜，现命令如下，即刻起，撤销老鼠在海军一切职务，暂收押于支部，待巡查官到达进行核查。现支部一切事务由海军上尉路飞暂行代理。”路飞虽然没有得到书面的命令，但是他相信以老爷子的能力，这些都不是问题。
现在的情况，阿龙等人被捕已经曝光了出来，不先老鼠一步掌控局势的话，可能会引起整个支部大乱，到时才是不好收拾。
路飞在路上考虑过，老鼠等人利益链条来源于阿龙，现在阿龙已伏法，斩断了他们的经济来源，只要拿下了老鼠，其余人也不会造次。
目前整个支部的人都知道路飞的身份，身为海军英雄的孙子，拿出一份海军总部的命令，众海军没有过多的怀疑。
路飞轻易的就控制了码头，暂时没有把阿龙被抓捕的消息泄露出去。“弗莱，你带几个人，控制住码头所有军舰，从现在开始，只许靠港，不许任何一人一船离港。娜美，带上剩下的人，和我走，去逮捕老鼠上校！”路飞不慌不忙的发布着命令。
没有一点悬念，路飞在老鼠的办公室抓住了他，以及蒙托中校等一干海军高层。就这些人的实力，在原著里面，娜美都能解决的货色，怎么可能会是现在这个路飞的对手。
等到路飞完全的控制住整个海军基地，已经是一天以后，不少的事情需要路飞处理，比如陆续回港补给的巡逻海军，老鼠上校的财物核查等等事情。还好目前整个基地还是戒严状态，不然路飞手上的事情会更多。
而此时海军总部的命令也刚好发送到支部，路飞看完以后，叫来了自己的副官弗莱，吩咐道，“通知支部所有海军，半小时后，训练场集合，宣布总部命令，不允许任何人缺席！”
此时的路飞有些心力憔悴，所有的事情都压在他一个人的头上，忙的不可开交，自己的手下最高只是下士，就算有能力，毕竟没有经历过管理的工作，基本上没有办法帮助自己分忧解难。要想想办法，让他们成长起来，现在还好，自己勉强能够应付。等到日后自己权力日重，手上的事情会更多，没有心腹手下帮自己处理事情的话，别说实力增强，能不能保持状态还两说。
路飞在海军都集合到训练场以后，才姗姗来迟，面对所有海军，宣布了老鼠的罪行，以及自己代理支部最高长官的命令，最后说道，“尽管我们之中有部分海军接受过原老鼠上校的金钱，但是罪不在你，我已经向总部申请了，只要交回涉及的财物，将对你们免于处罚。但是请各位牢记，我们是服务于民众的，不可再犯，否则将两罪并罚，听懂了吗！”
在接受了路飞的威吓后，整个基地的海军面貌为之一变，打击周边海贼的积极性高涨。惹得临近支部的几个海军基地都纷纷侧目，以为支部的海军都吃错药了！
又过去半个月，海军总部派出的巡查官终于到达，路飞将手中的事务尽数交接出去，没有任何保留。积极配合巡查官，对支部的调查。对职场颇有些心得的路飞，不可能在这种小事上面犯下过错！
总部派出的巡查官，一个中校军衔的大叔，为人相当正直，不苟言笑。对老鼠等人首恶的追查不遗余力，同时，也遵照总部的命令，对于其余海军，放他们一马。很快，在证据确凿的情况下，给老鼠等人确定了罪行。等待他们的，只能是在监狱里度过余生。
同时，由东海海军提督派出的新任支部最高长官也到任，和路飞完成了交接工作。在这个过程中，路飞和巡查官解释了娜美为了拿到阿龙与老鼠勾连的证据，以身犯险，卧底在恶龙海贼团中，经过千辛万苦终于拿到证据。娜美也洗脱身上的海贼印记，进而加入海军，成为了海军上士。路飞在东海的目标也进入了最终的阶段，接下来，路飞的旅途就要开始了。
路飞早就和娜美说过，解决了阿龙不是整个事件的完结，只要老鼠这等败类还在海军的一天，就有可能会出现第二个阿龙。老鼠被确认定罪，才是整个事件真的完结。只要是新上任的海军上校对于老鼠的事情有些许的警戒之心，那么这片海域才会得到安宁。
在办完所有的事情以后，巡查官要押送老鼠等人前往总部接受审判，而路飞也要离开，前往总部任职。只不过他并没有选择与巡查官一道，而是带上自己的人，准备从罗格镇，爬上颠倒山，进入伟大航路。身为穿越众，这些名地标，说一点也不向往那肯定是假话，不管怎么说，锻炼自己也好，到处看看有名的地方也好，自己都不会跟随巡查官跨越无风带。
路飞有自信，在伟大航路前半段解决所有麻烦。他现在需要提升自己，锻炼自己的队伍。按照原著路飞所走的航线，最大的BSS，被自己夺了恶魔果实，剩下的两个七武海，还不知道是否已经到达了他们的宿命之地，再说，自己现在是海军，七武海也不敢明目张胆的兑付自己。
打定主意后，路飞带上自己的船员，在支部里重新选择了一艘更大的军舰，毕竟原来的座舰只是一艘小型军舰，不大可能在伟大航路上驰骋。在支部所有海军的告别声中，路飞的座舰开始起航，朝着罗格镇的方向扬帆而去。
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