每有军事行动，诸王都要带领护卫随军出征，那些在疆场上叱咤风云的将帅，虽身为大将军，有时也要受到亲王的节制。
诸王初封时，明太祖都要为他们选一名僧人加以辅佐。
有一位僧人法名道衍（朱棣赐名姚广孝 ），是一位颇有谋略与学识的人，洪武十五年（1382年），道衍随朱棣北上燕邸，后来与他交往密切，十分投缘 ，还向朱棣推荐了一位术士，名叫袁珙。
这两人都成了朱棣的谋士。朱棣还设法结纳地方文武官员，以培植自己的力量。
洪武二十二年（1389年）正月，朱元璋改大宗正院为宗人府，命朱棣担任右宗正。
洪武二十三年（1390年）正月，朱元璋命傅友德为大将军，率列侯赵庸、曹兴、王弼、孙恪等赴北平，训练军马，听燕王节制，以出征漠北。山西的军队归晋王节制。
燕王率傅友德等出古北口，侦知北元太尉乃儿不花等驻牧迤都，遂挥师前进。
这时适逢大雪，诸将欲待雪止再进军。朱棣却认为天降大雪，敌军必然意料不到明军将至，应当乘雪速进。
大军进抵迤都，与元军仅隔一沙碛，竟未被发觉。虽以重兵压境，朱棣仍欲智取。派部将观童前往敌营劝降。
观童与乃儿不花是旧识，正在劝降时，明军已大败元军，乃儿不花想乘马逃走，观童告诉他这是燕王的军队，不必害怕，邀请乃儿不花一同到明军营帐中请降，果然被设酒款待，乃儿不花深受感动，便带领部落和马驼牛羊，一起归降了明军。
捷报传到京师，朱元璋高兴地说：“肃清沙漠者，燕王也！”自后，朱棣威名大振，更受倚重，屡次被朱元璋授命参与北方军事，节制士马
诸王之中，以晋王、燕王最被倚重， 洪武二十四年（1391年），朱元璋命朱棣率颍国公傅友德出征，收捕番将阿失里等人。
洪武二十六年（1393年）三月，朱元璋命晋王节制山西、燕王节制北平各卫将士，凡军中事务，都要启奏朝廷和晋王、燕王。
洪武二十九年（1396年）三月，朱棣率军北征至彻彻儿山，擒敌将孛林帖木儿等数十人，又追击至兀良哈秃城，遇敌哈剌兀，打败敌军凯旋。
洪武三十一年（1398年）晋王死后，朱元璋命朱棣节制北平都司、行都司、辽东都司及辽府护卫兵马，令他总率诸王防备边患。
洪武二十三年（1390年），朱棣招降乃儿不花后，晋王忌惮朱棣的功劳，到太子朱标处发告朱棣不听自己的约束“劳师冒险”，使朱标将此事汇报给朱元璋。
朱棣入朝，晋王又言语冒犯朱棣，还派人在燕王府内监视，搜求朱棣的“国中细故”， 燕王每入朝，太子“数以语见侵”等等，其间剑拔弩张之势十分明显。
洪武二十五年（1392年），太子朱标去世，朱元璋接受学士刘三吾的建议，立皇孙朱允炆为皇太孙，以杜绝诸王对皇位的觊觎。
洪武二十八年（1395年），秦王去世。洪武三十一年（1398年），朱元璋去世前夕，晋王去世，朱棣成为了诸王中最年长者。这时朱棣的羽翼已经丰满，不但有久征惯战的护卫军，权限上也早已超出了“列爵不临民”的规定。
晋王死后一个多月，朱元璋曾给朱棣一道敕谕：“朕诸子独汝才智，秦、晋已薨，系汝为长，攘外安内，非汝其谁……尔其统率诸王，相机度势，防边乂民，以答天心，以副朕意。”
无疑，这时朱元璋已把朱棣看作维护朱家皇朝的一个支柱，对他寄予很大希望。
然而，朱元璋毕竟精明过人，他也虑及燕王及诸王权势过大，对继任皇帝构成威胁，所以，朱元璋临死时下遗诏：“诸王临国，毋得至京。王国所在文武吏士，听朝廷节制”，正显示出他的这一忧虑。
洪武三十一年（1398年）闰五月，朱元璋去世，皇太孙朱允炆即位，遗诏诸王在封国，不得到京师奔丧。燕王朱棣自北平去南京，因朱允炆诏令而停止。
朱允炆用齐泰、黄子澄之议削藩，不到一年时间，周王、岷王、湘王、齐王、代王先后被废。
朱棣则在加紧活动。他挑选壮士充实自己的护卫军，以勾逃军为名，收罗异人术士。表面上，朱棣藏起锋芒，假称有病， 暗中则加紧练兵。他还利用燕府崇深之便，赶制军器。
接着，朱允炆令张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，以谢贵控制北平（今北京市），另以都督宋忠、徐凯、耿瓛屯兵开平、临清、山海关一带，并调检燕府护卫军士，加强对燕王防范措施。
朱棣的佯狂只不过是缓兵之计，为了在大军到来之前做好准备，他命令亲信护卫指挥张玉、朱能率将士八百人入卫王城。
这时，北平都指挥使谢贵已经接到朝廷的命令，带领在城的七卫军队和屯田军士包围了王城，并用本栅截断了端礼门等的通道。朝廷削夺朱棣王号和逮捕燕府官属的诏书也在这时到达北平。
建文元年（1399年）六月，齐泰将燕使邓庸下狱审讯，具得朱棣将举兵反状，乃发兵逮燕府官属，并密敕张信逮捕朱棣。张信为朱棣旧部，此时遂降朱棣，朱棣随即为备。
七月，朱棣以计（以装疯麻痹张昺、谢贵二人）擒杀张昺、谢贵，并命燕府护卫指挥张玉、朱能率兵乘夜攻夺北平九门，遂据北平。
后以尊祖训、诛“奸臣”齐泰、黄子澄，为国“靖难”为名，誓师出征。
革除建文年号，仍称“洪武三十二年”。
他谕令将士，同时上书朝廷，声称根据《祖训》“朝无正臣，内有奸逆，必举兵诛讨，以清君侧之恶。”
从此便开始了一场历时四年之久的战争，史称“靖难之役”。
战事之初，因北方诸将多朱棣旧部，降朱棣从战者甚多。朱棣先后下居庸关、怀来，捕获南军将领宋忠，趁势攻下遵化，永平投降。
建文元年（1399年）八月，朱允炆以太祖旧将耿炳文为大将军，率师30万伐朱棣。大军到达真定（今河北省正定县），先锋抵雄县，为朱棣所袭，9千人全部战死，复战于真定，又大败。
朱允炆遂以勋戚李景隆代耿炳文。
九月，江阴侯吴高带领辽东兵马围困永平。
李景隆合兵五十万，进军至河间扎营。
十月，朱棣亲自率精骑袭大宁，执宁王朱权及其妃妾世子，得其部朵颜三卫骑兵（相当于雇佣兵，均为蒙古骑兵，战斗力极强），兵力骤增。
李景隆乘虚攻北平，但不能克（朱棣长子朱高炽镇守，用冰冻住城墙，使李景隆无法破城）。燕王师自大宁返回后，于郑村坝大破李景隆军。
李景隆退军德州，朱棣趁机攻打蔚州、大同，引李景隆派兵救援、劳师无功。
朱允炆被迫罢兵部尚书齐泰、太常寺卿黄子澄职，以缓燕师。