明成祖即位后，恢复了洪武时废罢的锦衣卫，设立东厂，合称厂卫机构，天下臣民都处在严密的监视之下。
他利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事，设置镇守内臣和东厂。
宦官集团不仅被引入参政，政治势力也在国家的政治生活中不断发展壮大，特别是将宦官集团的管理部门独立出来，不再由吏部负责，而是由宦官集团的内部机构——司礼监管理，强化了皇权和**统治。
锦衣卫加东厂，使朝廷侦察工作日益严密，宦官也由此得以上下其手。
为防范驻防军将专权，成祖派宦官赴外地监军，甚至委派宦官出任军职统军镇守。
出使外国也虑臣僚不忠而任用宦官。
《明史》记载：从永乐年间开始，宦官得有出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事诸大权。宦官成为皇帝的耳目和心腹，明朝的心腹之病不可免了。
如果说，内阁的设置，开始了阁臣执政的端绪，宦官的倚用又开创了内臣干政的恶例，影响是深远的。
朱元璋时，由于废除了丞相制度，皇帝直接领导六部，事无巨细都要皇帝亲自处理。
朱棣时期，完善了文官制度，在朝廷中逐渐形成了后来内阁制度的雏形，但内阁品级不高，一般要经过翰林院庶吉士锻炼。
永乐朝内阁文臣虽只是正五品，从职权上看也仅备顾问，但国家大政方针的制定和决策，都要咨询他们的意见，内阁的出现弥补了自中书省废除后，中央机构在结构上的脱节，终明一世没有被废除。
正统至正德年间，内阁中枢决策的权位愈发巩固，权力也开始超过六部，内阁首辅开始出现，其地位与作用也日益显着。
明成祖在审判制度上的创举颇多，审慎用刑，复行死刑五复奏，并以“令”的形式将其确立为法律制度，且良好地落到实处；各省死囚百人以上者，派遣御史去地方决囚；外地死囚亦可以赴京师会官审录，扩大了会审的对象范围；一定程度上避免了冤假错案。
明代的热审始于始于永乐二年（1404年），即在夏季炎热时集中审理罪犯，除犯斩、绞罪立即处决之外，其余徒、流以下罪犯，都令所在发遣减罪，以免罪囚在狱中淹滞而死。
热审的开创性实行，发挥了源头作用，推进了明代恤刑制度的发展。
北平是朱棣兴王之地，朱棣在此经营多年，统治比较稳定；另外北平处于北方农业区与牧区接壤处，交通便利，形势险要，是汉蒙各族贸易的中心以及北方政治与军事要地。
定都于此不仅可抗击自北入侵的蒙古人，且可进一步控制东北地区，由南则可统领中原，有利于维护全国统一， 因此，朱棣即位后，即开始准备迁都。
永乐元年（1403年），诏以北平为北京，改北平府为顺天府。
永乐四年（1406年）五月，明成祖开始营建北京，北京的营建工程主要分为内城、皇城和紫禁城。
永乐九年（1411年），命工部尚书宋礼等修会通河。
永乐十三年（1415年）五月，平江伯陈瑄等开凿淮安附近之清江浦，使久废的大运河重新畅通。
永乐十四年（1416年），朱棣下令正式营建北京。
永乐十八年（1420年），北京宫殿落成。
这年九月，朱棣下令明年以北京为京师，正式迁都北京。
永乐十九年（1421年）正月，朱棣在北京御奉天殿，朝百官，大祀南郊，迁都大政至此基本完成。
从此，北京成为全国的政治、经济、军事、文化中心，今天北京紫禁城的规模就是当时奠定的，整个北京城布局严谨，极为壮丽，是中国封建社会建筑史上的杰作。
北京新都城的建筑物在“规制”上遵循南京，是汉族政权的文化延续，除此之外，从拱卫京师的塞上长城，到富丽堂皇的紫禁城，以及南北贯穿、左右对称的“中轴线”，北京在整体风貌上与因势就形、自然布局的南京有了很大的区别。
明成祖由掌握军权而夺得皇权，深知军兵的重要。
尤其是京师的军兵，更是皇权的重要支柱。
明太祖时，京师设有京军，是最精锐的兵力。
洪武四年（1371年）统计，共有二十万七千八百余人。
但其中精锐，据说只有七八万人。
京军分编四十八卫，由五军都督府统领教练。
明成祖为加强京军，在京师组建三大营。
一是“五军营”，即原由五军都督府教练的军兵，分为步兵与骑兵两个兵种，包括京师卫所军和各地抽调来京的班军。
二是“三千营”，由边境少数民族即所谓“边外降丁”组成，主要是骑兵。原来只作为仪仗，后来主要用于巡哨。
三是“神机营”，用火器装备起来的步兵军团。
据说当时采用安南神机枪的制造方法，制成神机枪和神机炮两种火器，炮利于守，枪利于战，神机营成为作战力较强的机械兵种。
三大营都设有“提督内臣（宦官）”或“坐营内臣”，另有武臣及坐营官、司官、把总。
神机营还设有“监枪内臣”。京军三大营兵多用于朝廷的重大军事行动，平时扞卫京师。
朱棣对北部边防进行了大幅度的调整和改造，不仅使边防指挥系统和沿边兵力部署发生了根本性的变化，也使北部边防的攻防组合得到改善。
在此基础上，以京军为后盾的分地防御的边防格局初步形成。
朱棣注意社会经济的恢复与发展，认为“家给人足”、“斯民小康”是天下治平的根本。
他大力发展和完善军事屯田制度和盐商开中则例，保证军粮和边饷的供给。
派夏原吉治水江南，疏浚吴淞。在中原各地鼓励垦种荒闲田土，实行迁民宽乡，督民耕作等方法以促进生产，并注意蠲免赈济等措施，防止农民破产，保证了赋役征派。
通过这些措施，永乐时“赋入盈羡”，达到有明一代最高峰。
永乐三年（1405年），全国税粮石，这是连续第三年保持在三千一百万石以上的税收，按照当时不足一千万户的民户统计，每户平均纳税超过三石。
此外从永乐元年起军卫屯田的收入也达到高峰石，加上民户交纳的税粮，平均到当时人口，人均超过一石。
在永乐二十二年间，“税粮总入达691，312，600石，平均岁入超过三千三百万石，而且总的趋势是增长的，这是有明一代的颠峰时期。”
朱棣为保证北京粮食与各项物资的需要，于永乐九年疏浚会通河，永乐十三年（1415年），因原本淤塞的大运河会通河段全面疏浚，明朝停止海运，改由大运河漕运，由陈瑄负责，驻节淮安。