随后，朱由检安排太监王之心、栗宗周、王之俊带着三名皇子出宫，送到成国公朱纯臣等人那里，接着与周皇后等嫔妃举行最后的酒宴，要求她们自尽。
周皇后回到坤宁宫就自缢了，袁贵妃被朱由检砍伤。
随后，朱由检怒吼着“为什么要生在我家”，先后挥剑砍向长平公主和昭仁公主，前者被砍断手臂而昏厥，后者当场死亡，又派人到各宫催促懿安太后及西李自尽。
其后，朱由检召见提督京城内外太监王承恩议事，并与他饮酒。
三更，朱由检到王承恩住处，换上大帽及宦官的衣服，手持三眼铳，带着数百名太监先后到朝阳门、崇文门、正阳门突围，均告失败，朱由检被迫与王承恩回宫，换了衣服。
此时已是三月十九日的五更，朱由检亲自撞钟召集文武百官，但无一人入朝。
最后，他与王承恩登上煤山，在一棵树上自缢，王承恩也相对自缢。
据说朱由检临终前徘徊许久，感慨群臣中没人陪他，又自我安慰说群臣不知道自己行踪，然后才自缢。
朱由检自缢当天上午，北京全城投降，李自成进入皇城，发现周皇后等女眷的遗体，三名皇子也被太监栗宗周、王之俊出卖而成了俘虏，但未发现朱由检的去向。
于是李自成悬赏黄金万两搜寻朱由检，直到三月二十日中午，朱由检的遗体才被发现。
他身穿蓝色道袍，披头散发，遮住了脸，右脚穿着袜子和红方舄，左脚赤脚，胸中背心有带血遗诏，强调“诸臣误朕”，最后说“任贼分裂朕尸，勿伤百姓一人”。
遗诏上还有一行墨书写着“百官俱赴东宫行在”，据说朱由检在三月十八日曾下朱谕于内阁，要求成国公朱纯臣辅佐太子。
当宦官将朱谕送入内阁时，阁臣们早已作鸟兽散，宦官复命时也找不到朱由检所在，而朱由检以为阁臣已看到朱谕，所以在遗诏上留下了这行话。
朱由检的遗体被运至东华门外，与周皇后的遗体放在一起，“诸臣哭拜者三十人，拜而不哭者六十人，余皆睥睨过之”。
其后，李自成在明朝太监王德化等的请求下，用较好的棺材重新收殓朱由检夫妇的遗体，四月初三日埋在田贵妃墓中，只有太监和百姓为朱由检送葬。
在这期间，自杀殉国的明朝臣子有新乐侯刘文炳及其弟都督刘文耀、彰武侯杨崇善、惠安侯张庆臻、东宫侍卫周镜、驸马都尉巩永固、宣城伯卫时春七名勋戚以及范景文、倪元璐、李邦华等二十余名文臣。
其他勋戚及文武官员基本上都向李自成投降，陈演、朱纯臣还带头劝进于李自成，不过他们随即受到李自成的追赃拷掠，许多人在这过程中死去。
五月，清军入关，占据北京。
清摄政王多尔衮宣布为朱由检发丧三天，为此需要拟定庙号和谥号。
这项任务被交给李明睿，李明睿拟庙号为“怀宗”，谥号“钦天守道敏毅敦俭弘文襄武体仁致孝庄烈端皇帝”，陵号“思陵”。
顺治十六年（1657年）改“端”为“愍”，简称“庄烈愍皇帝”或“庄烈帝”。
南明弘光政权也在六月给朱由检上了“思宗”的庙号谥号。
弘光元年（1645年，清顺治二年）二月，改庙号为“毅宗”。
朱由检即位之初，户部积欠九边军饷，高达9,685,500余两。
户部已面临破产边缘，朱由检在己巳之变后发现户部错账甚多，遂开始整顿财政。
朱由检在崇祯三年（1630年）三月要求户部将新、旧饷库账册“五日一报”。
八月，朱由检要求边镇饷司实行“月报”。
朱由检希望借此形成一个自皇帝至户部乃至各地方清楚的财政管理脉络，进行有效的远程财政及仓库管理。
此外还建立驳查制度，派专员核实月报数额，由此可以随时掌握各仓库的具体变动。
清朝入关以后，沿袭了朱由检财政改革的成果，形成奏销制度。
后金兴起后，明廷为筹措军饷，下令全国（除贵州外）亩加征田赋九厘，每年得银五百二十万两，是为“辽饷”。
崇祯年间，明廷内外两线作战，财政连年入不敷出，濒临破产边缘。
崇祯十年（1637年），朱由检听从兵部尚书杨嗣昌的建议，在旧额田赋的基础上，每亩加粮**，每年得银近二百万两，称为“剿饷”。
朱由检表示，这次的加派是临时性的——“勉从廷议，暂累吾民一年”。
可在第二年，仍然征收了其半数。
崇祯十二年（1639年），廷臣议练边兵，杨嗣昌筹划，东而辽东、蓟镇，中而畿辅，西而陕西三边，共练兵七十三万。
练兵需饷，遂于天下田土中，亩加赋银一分，计得七百三十余万两。
这宗加派称作“练饷”，三者合称“三饷加派”。
三饷加派加重了人民的负担，而明朝内外用兵并未取得显着成效，故加派依然不止，加速了明朝的灭亡。
朱由检以厉行节俭着称。他即位后，就罢苏杭织造，并将神宗以来每天御膳所花费的万金减少至百分之一。
过去皇帝所穿的冠、袍、鞋、袜都是每天翻新一次，朱由检下令一个月翻新一次，平时穿洗过的衣服，鞋子、袜子的边缘用布来缝。
玉熙宫的伶人也全部遣散，之前宫中有散金银豆于地、让宫人争抢的传统风俗，朱由检下令将金银改成枣、栗。
宫中的月宴、时宴以及外戚、公主家定时进献的甘果，朱由检全部叫停。
他所居的德政殿十分狭小，殿中御座旁只有一个金壶，都是他亲自倒热水，其他器具都没有。
崇祯十六年（1643年）十月，朱由检重申减膳撤乐，除了冬至、正旦、寿节、端阳、中秋及诸大典礼时奏乐外，其他时间都不听音乐，宫中一律用锡、木、瓷器，只留下典礼所必需的金银器，其他金银器都封存仓库，以备赏赐。
并且号召文武百官也厉行节俭，禁止官绅用黄、蓝绢盖、士人穿红、紫衣履以及庶民穿锦绣、丝绸、金玉、珠翠衣饰，衣袖不得超过一尺五寸，但这道禁奢措施收效有限。