就在李香君出城的同时，贝勒尼堪，贝子屯齐也得了多铎的将令，带着一万骑兵进军芜湖，追擒弘光帝。适南明四镇之一的大将刘良佐，领着三万精兵，奉檄入援，途中遇着清兵，并不抵御，当即迎降。尼堪令为前驱，直达芜湖江口。
是时江南四镇，高杰被杀，二刘降清，单剩了一个黄得功，他前时奉命去攻左良玉，左良玉已死，其子梦庚败走，黄得功于是带着两万多人马回屯芜湖。忽见弘光帝狼狈奔到，大惊道：“陛下何故轻身到此？”
弘光帝流泪道：“南京无一人可恃，唯卿秉性忠诚，所以冒死前来，仗卿保护。”
黄得功道：“陛下死守京城，臣等尚可尽力，奈何轻身来此？且臣方对敌，何能扈驾？”
弘光帝不禁大哭。黄得功无法，只得留住弘光帝，表示愿效死力。
不数日，清兵已到江口，黄得功戎装披挂，执了佩刀，坐了小舟，督部下渡江迎战。遥闻对岸有人大叫道：“黄将军何不早降？”
视之，乃刘良佐，不觉怒叱道：“汝乃甘心降敌么？”言未毕，近旁忽有一箭射来，正中喉间左偏，鲜血直喷，黄得功痛极，将佩刀掷去，拔去箭镞，大叫一声，晕绝舟中。
射箭的是早已暗中降清的总兵田雄，见黄得功倒地，带着手下就杀散黄得功的亲兵，一手提着黄得功的首级，一手将弘光帝掖住，送至对岸，献入清营。
马銮率着勇卫营八千士卒本为后援，得知大军已散，田雄献帝降清，大哭，带着手下就要勇闯清营，意图救回弘光帝。这个被众人哄着，自以为知兵的马家二少爷，哪里是老兵痞刘良佐的对手，最后兵败身死，甚为可惜！
值得注意的是，五月十五日，清朝豫王多铎进入南京，与迎接他的南明官员席地而坐，同酌共饮时，劈头的第一句话就是：“太子何在？”
忻城伯赵之龙告王以案情，多铎不以为然：“逃难之人，自然改易姓名，若说姓朱，你们早杀过了。”
保国公朱国弼忙解释：“太子原不认，是马士英坐易。”
多铎大笑：“奸臣！尔等具奸臣耳！”
当天晚上，在押的太子被送到多铎的中军，多铎离席迎接，躬身行礼，“太子受惊了。”并请太子上坐。
于是太子也不推脱，大大方方地坐在多铎的右侧，相去不过丈许。
多铎发现太子的双眼红肿，当得知被掳来的经过后，不禁大怒道：“还有这等叛主的奴才？”
于是，刚刚得到赏银的马吆喝和田速，就被拉出城，五马分尸了。
降将刘良佐押解弘光帝于五月二十五日回到南京。朱由崧昔日的那种皇帝的威风已经荡然无存，乘坐一顶无幔小轿，头上只用包布头蒙着，身穿蓝布衣，以油扇遮着面，招摇过市。路两侧的百姓个个唾骂，有的甚至向他投掷瓦砾。
朱由崧见到多铎，未等多铎开口，慌忙趴下叩头。少顷，多铎在灵璧侯府设宴，把朱由崧的坐次排在太子之下，多少反映出清廷的一些态度。
席间，多铎问朱由崧：“汝先帝自有子，汝不奉遗诏，擅自称尊，何为？”
又问：“汝既擅立，徒听奸臣报私怨，不遣一兵讨贼，于心何安？”
见朱由崧不答，又问：“先帝遗体止有太子，逃难远来，汝不让位，又辗转磨灭，何为？”
又问：“我兵尚在扬州，汝为何便走？自主之耶？人教之耶？”
朱由崧被问得汗流浃被，一言不发。太子见状不解地问：“皇伯昭告天下，招我来，反不认，又改姓名，极刑加我，岂奸臣所为？皇伯由不知？”
朱由崧支支吾吾，一直俯首到终席，不敢动一筷，更不敢发一言！
数月之后，多铎回京，挟太子、朱由崧同行，潞王也随后北上，三人最后，连同大批同宗的王爷们，通通都被处死了。
崇祯太子一案历来众说纷纭，明磊身处当世，也不能辩明真假。不过，阎尔梅说：“今人见小害必避之，明知皇子出必死，谁肯冒必死之事而伪为之？”
嗣音也说：“既非东宫，自走杭州，于朝廷何关利害，而急急遣人追之，不可疑呼？”
还是后来的鲁王一锤定音，在得知三人死讯后，追谥太子为悼皇帝、福王为赧皇帝，潞王为潞闵王。